Introduction
Dans la continuité de notre série sur les congés payés, nous abordons aujourd’hui un sujet souvent source d’erreurs en entreprise : l’impact des absences sur l’acquisition des congés payés.
On pense parfois qu’une absence entraîne automatiquement une réduction des droits à congés.
En réalité, le sujet est plus nuancé.
Certaines absences sont assimilées à du temps de travail effectif. D’autres ne le sont pas. Et depuis les évolutions intervenues en 2024, les arrêts maladie doivent désormais faire l’objet d’une vigilance particulière.
Pour les employeurs, ce sujet n’est pas seulement juridique. Il a un impact direct sur les compteurs, les bulletins de paie, les provisions et les soldes de tout compte.
Dans cet article, nous revenons sur les règles d’acquisition des congés payés, le régime d’équivalence, et les nouvelles règles applicables en cas d’arrêt maladie.
1. La règle de base : 2,5 jours ouvrables par mois de travail effectif
Le principe est connu : un salarié acquiert 2,5 jours ouvrables de congés payés par mois de travail effectif, dans la limite de 30 jours ouvrables par an, soit 5 semaines de congés payés.
La période d’acquisition est généralement fixée du 1er juin de l’année précédente au 31 mai de l’année en cours, sauf disposition conventionnelle ou accord collectif prévoyant une autre période.
Sur le papier, la règle paraît simple.
En pratique, elle nécessite de bien identifier ce qui constitue réellement du temps de travail effectif… et ce qui y est assimilé. Car toutes les absences n’ont pas le même impact sur les droits à congés payés.
2. Le régime d’équivalence : pourquoi quelques absences ne réduisent pas toujours les droits
C’est un point souvent oublié, alors qu’il est essentiel.
L’acquisition des congés payés ne se raisonne pas uniquement mois par mois. Le Code du travail prévoit aussi un mécanisme d’équivalence : sont assimilées à un mois de travail effectif les périodes équivalentes à 4 semaines ou 24 jours de travail.
Concrètement, cela signifie qu’un salarié peut acquérir l’intégralité de ses congés payés même s’il a connu quelques absences au cours de la période.
Autrement dit, toutes les absences ne viennent pas mécaniquement réduire le compteur de congés payés.
C’est un point important à expliquer, car il permet d’éviter une erreur fréquente : réduire trop rapidement les droits à congés sans vérifier si le salarié atteint tout de même les équivalences nécessaires. En pratique, ce mécanisme peut permettre de conserver une acquisition complète, même lorsque la période n’est pas parfaitement continue.
3. Les absences qui ne donnent pas droit à congés payés
Toutes les périodes d’absence ne sont pas assimilées à du temps de travail effectif.
En dehors des périodes expressément assimilées par le Code du travail ou par une convention collective, une absence peut donc réduire l’acquisition des congés payés. Le Code du travail liste notamment les périodes assimilées à du travail effectif, comme les congés payés, les congés maternité, paternité et adoption, les contreparties obligatoires en repos, les arrêts pour accident du travail ou maladie professionnelle, ou encore les arrêts maladie non professionnels depuis la réforme de 2024.
À l’inverse, certaines absences non assimilées peuvent avoir un impact sur l’acquisition.
C’est notamment le cas, sauf disposition plus favorable :
- des congés sans solde ;
- de certaines absences injustifiées ;
- de certaines périodes de suspension du contrat non assimilées à du travail effectif ;
- ou encore d’absences non prévues comme ouvrant droit à congés par la loi ou la convention collective.
C’est pourquoi il est indispensable de vérifier, pour chaque type d’absence, si elle est assimilée ou non à du temps de travail effectif. En paie, cette qualification est déterminante.
4. Accident du travail et maladie professionnelle : une acquisition maintenue
Les absences liées à un accident du travail ou à une maladie professionnelle sont assimilées à du temps de travail effectif pour l’acquisition des congés payés.
Depuis les évolutions issues de la loi du 22 avril 2024, les arrêts pour accident du travail ou maladie professionnelle permettent l’acquisition de congés payés pendant toute la durée de l’arrêt, sans la limite d’un an qui existait auparavant dans le droit interne.
En pratique, le salarié continue donc d’acquérir ses congés payés selon les règles normales, soit 2,5 jours ouvrables par mois, dans la limite de 30 jours ouvrables par période de référence.
Ce point doit être correctement paramétré dans les outils de paie, car une mauvaise gestion peut entraîner des régularisations importantes, notamment en cas d’arrêt long ou de solde de tout compte.
5. Maladie non professionnelle : une nouveauté à intégrer dans les pratiques
C’est le point qui a le plus fait évoluer les pratiques.
Avant le 24 avril 2024, un arrêt maladie non professionnel n’ouvrait pas droit à congés payés en droit français. Depuis la loi du 22 avril 2024, entrée en vigueur le 24 avril 2024, le salarié en arrêt pour maladie ou accident non professionnel acquiert désormais des congés payés.
Mais cette acquisition est réduite.
En cas de maladie non professionnelle, le salarié acquiert 2 jours ouvrables par mois d’absence, dans la limite de 24 jours ouvrables par an.
C’est une différence importante avec le régime normal, qui reste fixé à 2,5 jours ouvrables par mois de travail effectif.
En pratique, cela signifie qu’un arrêt maladie non professionnel ne neutralise plus totalement l’acquisition des congés payés.
Mais il ne permet pas non plus d’acquérir les mêmes droits qu’une période travaillée ou qu’un arrêt d’origine professionnelle.
Ce point est encore mal compris dans de nombreuses entreprises.
6. Le report des congés non pris : attention au délai de 15 mois
La réforme ne concerne pas uniquement l’acquisition. Elle encadre également le report des congés payés qui n’ont pas pu être pris en raison d’un arrêt maladie ou d’un accident.
Le salarié bénéficie d’un délai de report de 15 mois pour utiliser les congés qu’il n’a pas pu prendre du fait de son arrêt.
Ce point est essentiel à expliquer : il ne s’agit pas d’un droit illimité dans le temps.
Autrement dit, les congés acquis pendant la maladie ne s’accumulent pas indéfiniment sur plusieurs années sans limite.
En cas d’arrêt long, les droits doivent être suivis période par période. Le délai de report permet d’éviter une accumulation permanente des congés sur trois ans, sous réserve des règles applicables et des éventuelles dispositions conventionnelles plus favorables. C’est précisément ce suivi période par période qui peut devenir complexe en paie.
7. L’obligation d’information de l’employeur
Autre point important : l’employeur doit informer le salarié de ses droits après un arrêt maladie.
La loi prévoit une obligation d’information portant notamment sur le nombre de jours de congés dont dispose le salarié et sur la date jusqu’à laquelle ces congés peuvent être pris. Cette information doit intervenir après la reprise du travail.
Ce point est loin d’être anecdotique.
En pratique, il suppose :
- des compteurs fiables ;
- une bonne identification des absences ;
- un outil de paie correctement paramétré ;
- et une communication claire avec le salarié.
Sans cela, l’entreprise risque de découvrir les régularisations au mauvais moment : lors de la clôture des congés, d’un départ du salarié, ou d’un contrôle des compteurs.
8. Les erreurs fréquentes côté employeur
En pratique, les erreurs que l’on retrouve le plus souvent sont les suivantes :
- réduire automatiquement les congés dès qu’il y a une absence ;
- oublier le régime d’équivalence des 4 semaines ;
- ne pas distinguer maladie professionnelle, accident du travail et maladie non professionnelle ;
- ne pas intégrer l’acquisition réduite en maladie non professionnelle ;
- laisser les compteurs se cumuler sans suivre le délai de report ;
- oublier d’informer le salarié de ses droits à son retour.
Ces erreurs sont rarement volontaires. Elles viennent souvent d’un manque de suivi, d’un paramétrage incomplet ou d’une mauvaise compréhension des nouvelles règles.
Conclusion
L’acquisition des congés payés en cas d’absence est un sujet technique, mais il ne doit pas être traité comme un détail.
Les règles ont évolué, notamment pour les arrêts maladie non professionnels, et les employeurs doivent désormais intégrer ces nouvelles règles dans leurs pratiques.
Pour sécuriser votre gestion, trois réflexes sont essentiels :
- identifier correctement la nature de chaque absence ;
- vérifier si cette absence est assimilée ou non à du temps de travail effectif ;
- suivre les droits acquis, les délais de report et l’information du salarié.
Comme souvent en paie, le risque ne vient pas uniquement de la règle.
Il vient surtout de son application concrète dans les compteurs, les bulletins et les soldes de tout compte.
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Sources de références
- Code du travail, articles L3141-3 à L3141-5
- Code du travail numérique – Acquisition des congés payés pendant un arrêt maladie
- Service-public.fr – Acquisition de congés payés pendant un arrêt maladie
- Loi n° 2024-364 du 22 avril 2024 dite loi DDADUE
Cet article est proposé à titre informatif et ne remplace pas un accompagnement personnalisé adapté à votre situation.

